Samos‘ Geschichte ist aufs engste mit dem Kloster verbunden, weil der Ort um das Kloster San Xulián y Basilisa de Samos entstand. Dessen Gründung soll auf Martin von Braga zurückgehen, der in der westgotischen Epoche der iberischen Halbinsel die Abkehr vom Arianismus vorantrieb. Der Name Samos kommt von Samanos, das möglicherweise einen Ort bezeichnete, der von einer religiösen Gemeinschaft bewohnt war. Um 714 war das Kloster kurzzeitig verlassen, bis Fruela I. Arxerico als Abt einsetzte. Der spätere König Alfons der Keusche, wuchs hier auf und versteckte sich hier nach der Ermordung seines Vaters Fruela I. im Jahre 768 vor den Mordplänen seines Onkels Mauregato.

Das Kloster wurde mehrmals vergrößert, besonders nachdem ihm Papst Alexander III. 1175 in einer Bulle Rechte über 105 Kirchen im gesamten Königreich einräumte.

Während des Spanischen Unabhängigkeitskrieges gegen Napoleon zu Beginn des 19. Jahrhunderts diente das Kloster als Lazarett. Durch die Desarmortisationsdekrete von Juan Álvarez Mendizábal wurde das Kloster enteignet und von den Mönchen verlassen. 1880 kehrten sie zurück.^[2]

1951 brannten große Teile des Klosters ab, als beim Schnapsbrennen ein Tank voll Alkohol Feuer fing. Nach dem Wiederaufbau entstanden 1957 die Wandgemälde im Kreuzgang, welche das Leben des Heiligen Benedikt zeigen.^[2]