Quelle: https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Retablo_mayor_de_la_iglesia_de_Santa_Mar%C3%ADa_la_Real_de_N%C3%A1jera.JPG
Bilder von José Luis Filpo Cabana – Eigenes Werk, CC BY 3.0, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=39234445 

Der König stattete das Kloster mit wirtschaftlichen Grundlagen und Reliquien aus. Die Kirche des Klosters wurde am 12. Dezember 1052 geweiht.^{[Anm. 1]} Der König starb in der Schlacht von Atapuerca und wurde im Kloster unter dem Marienbild, das sich damals noch in der Höhle befand, begraben. Unter seinem Sohn und Nachfolger, Sancho Garcés IV., wurde das Kloster fertig gestellt. Hier zogen Mönche des Orden de la Terraza ein, eines ersten Ritterordens, der im Zuge der Reconquista gegründet wurde.^[3] Sie feierten Gottesdienste nach dem westgotischen Ritus. Erst 1067 wurde der Römische Ritus eingeführt. Bis 1076 war Nájera zudem Bischofssitz, der in diesem Jahr nach Calahorra verlegt wurde.^{[Anm. 2]} 1079 unterstellte König Alfons VI. die Gründung dem Kloster Cluny.^[4]

Im rückwärtigen Teil des Mittelschiffes befindet sich die Höhle, in der König García III. von Navarra 1044 das Bild der Jungfrau Maria gefunden haben soll. Sie ist eine von vielen, die es in der Gegend von Nájera gibt und die ganz unterschiedlich genutzt wurden. Dem Marienbild schrieb der König in der Folge seine Siege in den Eroberungskriegen gegen die Muslime zu. Bis zum Bau des Hauptaltars im 17. Jahrhundert war dieses Bild in der Höhle aufgestellt. 1845 wurde es durch eine anderes ersetzt, eine gotische Mariendarstellung vom Ende des 13. Jahrhunderts, die sich zuvor in der Schlosskapelle befand. Der Eingang der Höhle wird links und rechts von den Figuren König García III. von Navarra und seiner Frau, Königin Estefanía, flankiert, den Gründern des Klosters.^[12]

Die Höhle war einer der Orte, die von vielen Adligen und Ordensleuten zur Bestattung gewählt wurden. Bis zu den Restaurierungsarbeiten Ende des 20. Jahrhunderts befanden sich diese Gräber im Boden der Anlage.