Logroño entstand an einer Furt des Flusses Ebro und wurde im 1. Jahrhundert unter dem Namen Vareia Hauptort des Keltenstammes der Beronen. Die Römer nannten es zunächst Varelus und später Lucrosus. Eine andere Theorie führt den Namen auf die Zusammenziehung des lateinischen Artikels „lo/illo“ mit der Ortsbezeichnung Gronio/Gronno zurück, wobei der Ursprung des letzteren mit Keltisch und die Bedeutung mit „Furt, Übergang“ angegeben wird. Schließlich gibt es auch die Deutung „Lucus Brun“ oder „Lucus Beronius“ – „Heiliger Ort (im Wald) Berón“.
Neben der erwähnten Furt bauten die Römer im Rahmen der Straßenverbindung Tarragona–Asturien eine erste Brücke. Im 6. Jahrhundert wurde Logroño von den Westgoten unter König Leovigild zerstört. Im 8. Jahrhundert eroberten die Mauren die Stadt und nannten sie Albaida („die Weiße“). Während der Rückeroberung der ehemals christlichen Gebiete (reconquista) wurde Logroño durch die vereinten Heere von Sancho Garcés von Navarra und Ordoño II. von León eingenommen, danach blieb es jedoch eine bedeutungslose landwirtschaftliche Siedlung und wurde 1092 durch El Cid, der zu dieser Zeit auf Seiten der Mauren kämpfte, abermals zerstört.
Auf Verfügung Alfons VI. von Kastilien wiederaufgebaut, stattete dieser im Jahr 1095 Logroño mit Stadtrechten und Privilegien (fueros) aus und erteilte 1099 mit dem Neubau der Brücke das Privileg des Flussübergangs. Mit der Brücke wurde die Stadt zu einer wichtigen Pilgerstation am Jakobsweg. Damals entstand das Motto la ciudad como el camino – „die Stadt richtet sich nach dem Wege“.